Yayasan Said Aqil Siroj bermaksud ikut dalam membangun peradaban bangsa Indonesia melalui nilai-nilai tsaqafah (ilmu pengetahuan), hadlarah (peradaban), dan tamaddun (menata kehidupan madani). Langkah ini diejawantahkan dalam bentuk membangun pesantren sebagai pusat peradaban Islam, yakni Pondok Pesantren Luhur Al-Tsaqafah serta kanal-kanal pendidikan berbasis peradaban ala ahlussunah wal jama’ah.